2019年秋季之前 新冠肺炎分别在亚洲和欧洲缓慢传播

中山大学、中国科学院昆明动物研究所、国家生物信息学中心和芝加哥大学的研究人员发现，尽管亚洲的新冠肺炎毒株首先引起了人们对公共卫生的关注，但新冠肺炎病毒在2019年秋季之前已经在亚洲和欧洲缓慢传播。由于新冠肺炎和香港之间的竞争，到2020年4月，亚洲毒株已经完全被欧洲毒株取代。相关研究成果近期发表于《国家科学评论》。

至于病毒的起源和疫情的传播，要区分两个不同的概念：“病毒的起源”和“疫情爆发的地方”。任何生物的起源，无论是人、狗还是被子植物，往往都有一个漫长的进化过程，在这个过程中生物特征会一步步形成。

病毒的起源应该是人烟稀少的动物宿主的栖息地，在那里病毒可以与其动物宿主展开“军备竞赛”。然后，病毒进化成熟后，传播给没有免疫力的人。确切地说，爆发区不同于病毒的起源，因为爆发区的人对这种病毒没有免疫力，这意味着人们没有提前接触过这种病毒。

简而言之，病毒的起源必须具备一定的条件，病毒才能在漫长的过程中从动物逐渐传播到人类。到目前为止，在新冠肺炎的原居地仍然没有明确的科学证据和明确的结论。

从人群健康的角度来看，真正重要的问题不是病毒的起源，而是疫情的传播。病毒离开原来的地方后开始传播。虽然第一个疫区，也就是最早正式报告疫情的地方，一开始最受关注，但病毒很可能从原来的地方侵入了几个不同的地方，从而引发了疫情。

过去的研究重点是病毒分析。由于菌株数量巨大，序列数以百万计，很容易忽略最初的一个个变化。这项研究集中于突变位点的研究。突变位点总数不到100个，很容易掌握病毒早期、中期和晚期的进化情况。

研究人员发现，病毒的进化被一波“突变群”所取代。从2020年初到2021年底，新冠肺炎至少出现了五波“突变群”。每一波都是由带有新突变群的菌株引发的。

2020年初的第一波“D614G突变群”非常特殊，也是本次研究的重点。这个突变群的4个突变(以下简称DG突变)不仅没有在人群传播后消失，反而成为了整个疫情的基石。

更重要的是，2020年初疫情开始时，DG突变已经是欧洲的主要毒株，2019年9月在意大利被发现。2020年3月前，国内未发现DG突变，亚洲罕见。

因此，新冠肺炎早期在亚洲和欧洲独立传播。DG群突变出现在欧洲，然后传播到世界各地。之后又有4个新毒株传播，包括最近的delta突变毒株，都是从DG突变毒株连续进化而来。在新冠肺炎疫情演变过程中，多次发生变异毒株的替代和替换，后续还有新替换的可能。